La eliminación, destrucción o desequilibrio de los ecosistemas naturales son los factores que afectan en mayor medida a la sostenibilidad de los recursos hídricos naturales. Asimismo los ecosistemas con los que interactúa el ser humano están directamente ligados al bienestar de los recursos hídricos naturales, cada cambio paisajístico tendrá sus propias consecuencias, generalmente de manera directa, sobre los ecosistemas, o bien directa o indirectamente sobre los recursos hídricos. La magnitud de estas consecuencias variará según las condiciones del entorno, dentro de un amplio abanico de cambios paisajísticos posibles. Entre los cambios que pueden afectar al paisaje se incluyen: tala de bosques, sustitución de praderas u otros ecosistemas terrestres naturales por tierras de cultivo o pastoreo, urbanización (provocando cambios en los patrones de infiltración y escorrentía y también contaminación), eliminación o reducción de humedales, etc.
A pesar del trabajo que se viene realizando en la rehabilitación y la protección de lagos, ríos, arroyos, reservorios y las masas de aguas superficiales relacionadas, los riesgos de contaminación de las aguas superficiales siguen siendo muy elevados. Identificar las fuentes puntuales (FP) y no puntuales (FNP) de contaminación supone un valioso primer paso a la hora de identificar su naturaleza y el alcance de sus consecuencias sobre la calidad del agua. Normalmente, la contaminación por FP está directamente relacionada con el vertido de residuos por medio de las tuberías de industrias y municipios. El control de la misma es más directo y cuantificable. La contaminación por FNP se debe a la presencia de contaminantes de orígenes diversos y muy amplios que son transportados por la escorrentía hasta llegar a los ríos, lagos, humedales, aguas subterráneas. Este tipo de contaminación es más difícil de tratar, porque hay un gran número de fuentes, por ejemplo numerosas zonas agrícolas que emplean pesticidas y nutrientes. La protección de las fuentes de aguas subterráneas se está convirtiendo en motivo de creciente preocupación mundial.
La urbanización, el desarrollo industrial, las actividades agrícolas y las empresas mineras de la mayoría de los países son responsables de la contaminación de las aguas subterráneas alrededor del mundo.
Sobreexplotación:
Los problemas de la sobreexplotación en masas de aguas superficiales y aguas subterráneas están bien documentados, y muchas veces tienen que ver con la desviación de los cauces fluviales, la construcción de presas y la deforestación.
Estos problemas normalmente se agravan durante los largos períodos secos. A pesar de haber transcurrido muchos años de abuso evidente y durante los que se ha provocado la alteración de las condiciones del agua y de los ecosistemas relacionados, todavía persisten muchas de aquéllas mismas causas. Entre las más importantes destacan las prácticas altamente ineficientes de aprovisionamiento de agua para la agricultura y los usos municipales, la deforestación y la falta de control sobre la explotación de los recursos hídricos subterráneos y superficiales. El desarrollo inadecuado de los embalses y las desviaciones de los cauces, unidos a la falta de estudio de alternativas para la conservación y la reducción del consumo al mínimo (gestión de la demanda) han complicado y aumentado aún más los impactos sobre los recursos hídricos actuales.
La sobreexplotación o sobreextracción de aguas subterráneas es una situación especial, pues no resulta tan evidente a simple vista y tampoco es fácil reconocer ni reaccionar a sus efectos.

Sociedades cada vez más urbanizadas
La tendencia hacia una sociedad cada vez más urbanizada y el creciente número de personas que habitan en un espacio reducido tienen implicaciones muy importantes sobre el uso del agua dulce y la gestión de las aguas residuales.
Aunque, dentro de prácticamente todas las economías nacionales, la agricultura sigue siendo el mayor usuario de los recursos de agua dulce, las demandas de agua por parte de las empresas y los consumidores urbanos han ido aumentando de forma considerable, y muchas ciudades importantes (como puede ser la ciudad de Córdoba y el Gran Córdoba) han tenido que extraer el agua dulce de cuencas hidrográficas cada vez más lejanas, pues los recursos hídricos superficiales y subterráneos ya no cubren la demanda de agua, o bien éstos se han agotado o han sido contaminados. Por otro lado, la contribución a la contaminación del agua por parte de las empresas y los consumidores urbanos también ha crecido rápidamente.
El suministro de agua y saneamiento en las zonas urbanas se ha extendido mucho más lentamente que el crecimiento demográfico en la mayoría de los países de ingresos medios y bajos