El sistema tiene como zonas de abastecimiento a las cuencas altas de los Ríos Suquía, La Quebrada y Los Molinos. Estas cuencas se encuentran actualmente reguladas por los diques San Roque, La Quebrada y los Molinos respectivamente, desde los cuales y pasando por diferentes obras de control y conducción se derivan las aguas necesarias para la satisfacción de las diferentes demandas hídricas presentes en el sistema.
En la Zona de las Sierras Chichas, se encuentran las nacientes de los ríos Suquía y Xanaes, que forman dos subcuencas dentro de esta amplia región. El primero de estos cursos escurre a través de la Quebrada de San Roque, hasta la confluencia con el Arroyo Saldán. En cuanto a la subcuenca del Río Xanaes nace inicialmente en la Pampa de Achala con el nombre de Arroyo de Yatan y Posterior al Embalse los Molinos se une con el Río Anisacate donde adquiere el nombre de Río Segundo o Xanaes.
A partir del Lago San Roque, el Río Suquía atraviesa la Sierra Chica, por una profunda quebrada labrada por sus aguas. Se le une el Arroyo Saldán, que drena la región del Dique La Quebrada y más adelante en la Ciudad de Córdoba el Arroyo La Cañada, que drena las aguas de La Lagunilla. Atraviesa la llanura y alcanza la Laguna de Mar Chiquita por medio de diversos brazos. El Río Suquía, tiene una extensión de aproximadamente 200 Kilómetros contados desde el Dique San Roque.
La cuenca alta del Río Suquía, comprende un área de aproximadamente 1350 km2, abarcando aproximadamente un 60% del departamento Punilla, aportando al dique San Roque un Módulo de 9.67 m3/s. El dique La Quebrada posee un área de aporte de 36.9 km2 con un módulo de 0.2 m3/s. En el caso de la cuenca del Río Los Molinos, ésta se encuentra ubicada al sudoeste de la ciudad de Córdoba, y su área de aporte es de aproximadamente 978 km2 aportando al embalse homónimo un módulo de 9.24 m3/s.
Considerando las dos principales fuentes de abastecimiento, el sistema de aprovechamiento puede ser subdividido en 2 subsistemas menores, Subsistema Suquía y Xanaes. Si bien no existe una interconexión natural entre ambos subsistemas, ésta se encuentra materializada por el canal Los Molinos – Córdoba, el cual trasvasa las aguas provenientes del subsistema Xanaes al Subsistema Suquía.

*ACA VA MAPA “CUENCA SUQUIA Y LOS MOLINOS”
Dadas las características de regulación y demandas, el subsistema Suquía puede, a su vez ser subdividido en aguas arriba y aguas abajo del dique San Roque. En el primer caso no existe regulación del recurso y los consumos son principalmente destinados a la satisfacción de las demandas de agua potable y turismo, no existiendo en la región una infraestructura de riego que requiera volúmenes de agua significativos.
Aguas abajo el recurso se encuentra regulado por el dique San Roque y la Quebrada, siendo el primero quien presenta mayor grado de desarrollo en su infraestructura de regulación y derivación, constituyéndose en la principal fuente de abastecimiento del sistema de aprovechamiento para el Gran Córdoba.
El Sistema Xanaes posee como principal reservorio al producido por el dique Los Molinos, y si bien no existe una interconexión natural entre este y el subsistema Suquía, la misma se encuentra materializada por el canal los Molinos – Córdoba. La concepción original de este canal fue para satisfacer los requerimientos hídricos de la zona sur del cinturón verde de la ciudad de Córdoba y en menor medida reforzar el sistema de distribución de agua potable para el sur de la ciudad.
Posteriormente, y dado el constante crecimiento de las demandas de agua potable en la zona Sur de la ciudad, conjuntamente con la limitada capacidad del subsistema Suquía para satisfacerlas, el canal Los Molinos – Córdoba, se constituyó como la principal fuente de agua potable para esta región, pasando la demanda de agua para riego como uso secundario.