La Cuenca del Río Anisacate es una de las principales del sistema Xanaes, donde su curso principal, luego de la unión con el río Los Molinos, da nacimiento al río Xanaes. Limita al norte con la cuenca del río Suquía y al sur con la cuenca del río Los Molinos. Actualmente no se encuentra regulado dicho cauce, existe un proyecto que data del año 1975 donde se plantea la construcción de una Presa, con ella se plantea alcanzar la regulación total de la cuenca alta del río Xanaes. El grado de alteración por acciones antrópicas en dicha cuenca es bajo.
Es un importante curso de agua de la Provincia de Córdoba. Tributario del río Segundo, tiene su naciente en la unión de los ríos: De la Suela y San José que son formados en la ladera oriental de las Sierras Grandes.
Sus tributarios, además son innumerables arroyos y cursos de agua que descienden de la montaña. Todos ellos, están abastecidos por una infinidad de surgentes, que se originan en la región central de la Pampa de Achala. Es un río de características endorreicas, torrentoso y junto al río Los Molinos, da origen al conocido río Xanaes o Segundo. A lo largo de su recorrido, el rio Anisacate, discurre por terrenos muy escarpados, lo que implica que su cauce esté muy ‘encajonado’. Esto resulta en un río ‘traicionero’, ya que durante la época estival las crecidas son súbitas.